Jefferson luôn đấu tranh để bảo vệ tự do tôn giáo, ông từng nói: "Tôi chẳng cảm thấy bị tổn thương nếu hàng xóm của tôi nói rằng có 20 vị chúa hoặc không có vị chúa nào. Nó chẳng tổn hại đến túi tiền của tôi và cũng không làm đau chân tôi".

Thomas Jefferson nhận thấy mình xung đột với một số quan điểm trong bốn cuốn Kinh Phúc âm của Matthew, Mark, Luke và John nên ông đã chọn hướng đi độc nhất vộ nhị: tự tạo Kinh thánh cho riêng mình sử dụng.

Jefferson đánh giá cao giáo lý của Giesu nhưng ông không đề cao cái mà ông gọi là "những sai lệch trong đạo Thiên chúa". Ông cho rằng các sách Phúc âm Tân ước có quá nhiều nội dung không nên đưa vào. Vì vậy, ông cắt và dán bốn cuốn Phúc âm của Tân ước để tạo ra phiên bản của mình. Ngày nay, nó được biết đến là cuốn Kinh thánh Jefferson.